Históriu farnosti je pomerne ťažko zachytiť, pretože sa nezachovali ani kroniky ani cirkevné listiny. Poznáme iba fragmenty ktoré môžeme zhrnúť do nasledujúcich častí.

Ostrihomská kapitula
Podľa obecnej kroniky vznikla farnosť v Hontianskych Nemciach v roku 1332. Ostrihomská kapitula zakladala v tom čase takzvané hradné fary. Podľa tohto dokumentu môžeme predpokladať, že kostol bol bol súčasťou takejto pevnosti.

Kráľ Ondrej III. na pamiatku svojej korunovácie daroval v roku 1291 obec Hontianske Nemce Ostrihomskej kapitule. Tá zostala ako jej vrchnosťou až do zrušenia poddanstva. Samotná farnosť sa spomína v štatúte Ostrihomskej kapituly prvýkrát v roku 1297. Dejiny farnosti v 14. a 15. storočí boli obdobím nepokojov, oplyvňované nájazdmi rôznych vojsk na neďaleký kláštor Bzovík a hrad Čabraď.

Zvláštnosťou dejín našej farnosti je skutočnosť, že nikdy nepatrila pod feudálne panstvo Bzovík, ktoré bolo najväčšie v celej Hontianskej župe. Vznik tohoto panstva je doložený kráľovskou listinou z roku 1135, kedy sa približne datuje aj založenie kláštora. Panstvom a pôsobením tamojších rehoľníkov (benediktínov, premonštrátov a neskôr jezuitov) bola farnosť v Hontianskych Nemciach iba ovplyvnená.

Obdobie tureckých nájazdov
Turecké nájazdy boli obzvlášť kruté. Počas jedného z nich zhorela strecha kostola, ale samotný kostol – ako pevnosť obohnaná múrom – nebol dobitý. Pri ďaľšom nájazde v roku 1584 znovu zhorela strecha kostola.

Pamätný bol 20. august 1663, kedy Turci nečakane napadli ľudí zhromaždených v kostole na bohoslužbách. Tieto turecké nájazdy využívali aj obyvatelia Krupiny, ktorí preoblečení za Turkov viackrát obec vydrancovali.

Náboženská reformácia
Príčiny reformácie v Hontianskych Nemciach a okolí sú – tak ako v mnohých iných prípadoch – dosť zložité. Je známe, že v čase feudálneho panstva platila zásada: „Cuius regio – eius religio“, čo znamenalo, akého náboženstva bol pán, takého museli byť aj jeho poddaní. Podstatným činiteľom reformácie bolo nemecké vojsko, prostredníctvom ktorého sa na území Hontu šírili reformačné myšlienky. Svojich stúpencov našla hlavne u obyvateľov nemeckej národnosti, ale aj v prisťahovalcoch obce.

Reformácia v tejto oblasti prebiehala hlavne po roku 1564. Hovoria o nej záznamy z kanonických vizitácií. Ján Derechey – arcidiakon pre územie Tekov a Hont – začal vizitovať farnosti od marca 1561. Zo strachu pred Turkami neprešiel celý arcidiakonát, ktorý bol už v tom čase vážne zasiahnutý reformnými myšlienkami. Vodcom reformného hnutia v tomto kraji bol Urcus Cubicularis, ktorý zastával úrad farára Banskej Štiavnice.

V správe vizitácie z roku 1559 sa píše, že nemčiansky farár Martin Lawko – hoci sa príkladne staral o spravovanie farnosti – bol ženatý. Deti nemal, ale už v správe z roku 1561 sa poznamenáva, že jeho ďalší život už taký nebol. Vizitátor Ján Derechey písomne pozval kňazov na stretnutie do Banskej Štiavnice s dátumom 28. marec 1561. Dostavili sa všetci okolití kňazi na čele s Urcusom Cubicularisom, okrem kňazov z Krupiny, Žemberoviec, Prenčova a Nemiec, u ktorých bol predpoklad, že boli ženatí. Z ďalších správ a dokumentov je zrejmé, že už v apríli 1561 zostala farnosť v Hontianskych Nemciach bez farára.

Šírenie reformácie bolo ovplyvňované i náboženským životom v susednom Bzovíku. V roku 1530, počas začínajúceho tureckého nebezpečenstva, sa stáva jeho vlastníkom protestant Žigmund Balaša. V tom istom roku priviedol na Bzovík prvého evanjelického kňaza. V Hontianskych Nemciach pôsobil evanjelický kňaz Marek Henselius, rodom z Vysokej Lúky. V roku 1619 katolíci v obci získali od evanjelikov naspäť kostol, ktorý im pred časom zabrali. Od roku 1628 do roku 1639 došlo k viacnásobnej výmene, no s konečnou platnosťou ho za pomoci hronsko-beňadického prefekta získali katolíci.

V súvislosti s dejinami reformácie a protireformácie treba spomenúť aj rehoľu jezuitov, ktorá v druhej polovici 17. storočia mala veľké zásluhy na odstraňovaní nevzdelanosti, výchove kňazov a kultúrnom rozvoji farnosti. Pôsobila v Bzovskom kláštore.

Kňazi pôsobiaci vo farnosti
Zachovali sa mená týchto kňazov, ktorí pôsobili v Hontianskych Nemciach:

• Mikuláš 1332–1337
• Johannes 1437–1497
• Johannes 1508
• Ján Rosenberger 1527
• Martin Lawko 1561
• Pavol Rajeczi 1561–1577
• Matej Barnay VAD 1616–1618
• Ján Bludevics 1619
• Martin Maróthy Bic. 1630
• Ján Skotka 1638
• Abrahám Huszar 1647
• Laurentius Huszar 1664
• Andrej Szum VAD 1665–1679
• Tomáš Petróczy I. 1679–1686
• Lukáš Husztovicz 1686–1689
• Gregor Szanerovicz 1689–1692
• Tomáš Petróczy II. 1692–1695
• Ján Filipovics 1695–1708
• Ján Modray 1708–1709
• Tomáš Petróczy III. 1709–1711
• Štefan Jakubek január 1711
• Gregor Schores 1711–1713
• Ján Kriszantezy 1713–1727
• Andrej Priszter 1727–1743
• Ján Novotha 1743–1745
• Andrej Durányi 1745–1750
• Juraj Závodszky 1750–1752
• Matej Balko 1752–1753
• Pavol Vreteniczky 1753–1762
• Emericus Hadbavny 1762–1768
• Adalbert Prokop, VAD 1768–1809
• Juraj Lipták 1809–1814
• Jozef Groman 1814–1828
• Ján Tersztyánszky 1828–1839
• Michal Zelník 1839–1869
• Štefan Kvassay 1869–1881
• Žigmund Weisz 1881–1908
• Jozef Haverla 1908–1910
• Štefan Margorín 1911–1918
• Štefan Ravasz 1919–1928
• Ján Šeminiczer 1928–1930
• Ján Bob 1930–1947
• Ján Hlinka 1947–1952
• Aurélius Mihaliak, dekan 1952–1955
• Štefan Moravčík 1955–1958
• Dr. Stanislav Jurovský 1958–1962
• Štefan Hutár (Florenc), OFM 1962–1976
• Jozef Loziňák, dekan 1976–1990
• Ferdinand Kaňka 1990–1995
• Emil Václav 1995–2007
• Pavel Glejdura 2007-2008
• Peter Jurčík 2008-2009
• Peter Privitzer 2009

Duchovné povolania z farnosti
Za posledné roky sa vo farnosti zrodili tieto duchovné povolania:

• prof. Ján Homola, SchP (1940)
• Anna Antalová, OPraem (1968)
• Jozef Labuda, OPraem (1972)
• Ján Šnajder (1983)
• Ján Bučík (1992)
• Pavel Lukáč (2000)
• Pavel Piatrov, SDB (2002)